水黴病壹般是用孔雀石綠處理，但是因為孔雀石綠是高致癌的，所以不讓使用，現在只有使用硫醚沙星，有壹定的治療效果。鰓黴病就是用硫醚沙星，效果還可以。魚醉菌病目前無藥可治。
至於其他的幾種真菌病，如鏈壺菌病、離壺菌病、海壺菌病都是無藥可治的。