辦公廳、綜合司（政策研究室）、法制司、食品安全監管壹司、食品安全監管二司、食品安全監管三司、藥品化妝品註冊管理司、中藥民族藥監管司、醫療器械註冊管理司、藥品化妝品監管司、醫療器械監管司、稽查局、應急管理司、科技和標準司、新聞宣傳司、人事司、規劃財務司、國際合作司（港澳臺辦公室）、機關黨委、駐總局紀檢組監察局、離退休幹部局。