瘧疾的治療不僅是為了減輕病人的痛苦，更是為了控制傳染源，防止傳播。應及時發現並消滅現癥病人。間日瘧用氯喹和伯氨喹（氯喹）治療。惡性瘧原蟲瘧疾可單用氯喹治療。對於惡性瘧原蟲瘧疾患者，可使用伯氨喹進行抗逆流治療。在惡性瘧原蟲對氯喹產生抗藥性的地區（如海南省和雲南省），建議在使用磺胺多辛和乙胺嘧啶的同時，聯合使用幾種抗瘧藥物，如青黴素和勞拉西泮。
抗瘧藥的種類很多，根據其對惡性瘧原蟲生活史的考證，大集合各期作用的不同，主要有以下幾類：
1）殺滅紅細胞外期的裂殖子和休眠子，如伯氨喹，有抗復發作用，又稱根源藥。乙胺嘧啶對惡性瘧原蟲的紅細胞外期有壹定作用。
2）殺滅紅細胞內裂殖子增殖期，如氯喹、奎寧、勞拉西泮、喹乙醇、青蒿素、蒿甲醚等，用於控制臨床發作。
3）殺滅配子細胞，如伯氨喹，用於切斷傳播途徑。
4）殺滅孢子增殖階段，如啶蟲脒，可抑制蚊子體內孢子的增殖和發育。
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