巴斯德的與眾不同之處在於他善於用顯微鏡觀察，這使他在化學上有了前無古人的重大發現。
所以在解決酸酒的問題時，他先用顯微鏡觀察，看看正常酒和酸酒有什麽區別。結果他發現在正常的葡萄酒中只能看到壹種又圓又大的酵母菌，而在酸葡萄酒中發現了另壹種又細又長的細菌。他把細菌放進沒有變酸的酒裏，酒就變酸了。
據此，巴斯德認為空氣中有很多種細菌，它們的生命活動可以引起有機物的發酵，產生各種有用的產物，而發酵是由酵母中的細菌引起的，而不是很多人認為的化學反應。
巴斯德根據自己對發酵的研究，向釀酒廠的老板們建議，只要把釀造出來的酒在接近50℃的溫度下加熱密封，酒就不會變酸。啤酒廠老板壹開始不相信。巴斯德親自在酒廠演示。他把幾瓶酒分成兩組，壹組加熱，另壹組不加熱。站了幾個月後，他當眾打開酒瓶品嘗。結果，加熱過的酒仍然味道醇厚，而未加熱的酒卻讓人牙齒發酸。
巴斯德在法國名聲大振，因為他鑒定了葡萄酒中的有害微生物，拯救了法國經濟。但他並沒有停止探索。空氣中還有人和動物的病原體，會引發各種疾病。為了消滅雜菌，巴斯德在1863中創造了巴氏殺菌法。這種通過低溫加熱殺死微生物的方法至今仍被用於食用奶的保存。