1、如果在當地醫院住院：到醫院新農合窗口備案，出院後憑住院收費單、出院證、出生證、社保卡、母親身份證到醫院新農合窗口報銷；
2、如果在異地醫院住院：住院前或住院後3日內必須辦好異地住院轉診手續，實行轉院的憑轉入醫院的證明或住院所在縣外醫院的住院證明、合作醫療證、母親身份證、經辦人身份證、母親身份證到醫院新農合科室辦理。需持住院所在縣外醫院的住院證明、合作醫療證、母親身份證、出生證明到新農合部門轉診處辦理轉診手續。
法律依據：生育保險條例》
第十條 職工所在用人單位依法為職工繳納生育保險費的，職工按照國家規定享受生育保險待遇。
第十壹條 生育保險待遇包括生育醫療費用和生育津貼。
第十二條 生育醫療費用包括生育醫療費用、計劃生育醫療費用以及法律、法規規定由生育保險基金支付的其他項目費用。生育醫療費用是指女職工在妊娠、分娩期間發生的醫療費用，包括診斷、治療妊娠並發癥的醫療費用。計劃生育醫療費用是指職工因放置或取出宮內節育器、輸卵管或輸精管結紮及復通手術、人工流產或引產等發生的醫療費用。
第十三條：生育保險參保人員在協議醫療服務機構發生的符合生育保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準的生育醫療費用，由生育保險基金支付。如遇急診或搶救，可到非協議醫療服務機構就醫。