國家基本藥物和醫保藥物在安全有效、成本效益比方面無明顯差別，國家基本藥物在“防治必需、保障供應、優先使用”方面屬性更強。
2018年9月出臺的《關於完善國家基本藥物制度的意見》提出，醫保部門按程序將符合條件的國家基本藥物目錄內的治療性藥品優先納入醫保目錄範圍或調整甲乙分類。所以國家基本藥物和醫保藥物之間有交叉性。但兩者也有壹定的區別，卻別如下：
1、國家基本藥物和醫保藥物目錄制定部門不同。
國家基本藥物由國家衛生健康委員會制定，醫保藥物目錄由國家醫保局制定。
2、國家基本藥物和醫保藥物目錄版本不同。
國家基本藥物最新是2018年版，醫保藥物目錄最新是2017年版。
3、藥品目錄數量不同。
國家基本藥物總品種由原來的520種增至685種，包括西藥417種、中成藥268種。在覆蓋主要臨床主要病種的基礎上，重點聚焦癌癥、兒童疾病、慢性病等病種，新增品種包括了抗腫瘤用藥12種、臨床急需兒童用藥22種以及世衛組織推薦的全球首個也是國內唯壹壹個丙肝治療新藥。
醫保藥物分甲、乙類。西藥部分甲類品種有315個，乙類品種有818個，中成藥部分的甲類品種有135個，乙類品種有792個。工傷保險藥品不分甲、乙類。
4、各省市地方調整政策不同。
國家基本藥物除了國家調整外，其他各省市不得調整。而醫保藥物目錄因分甲乙類藥物，乙類藥物地方上是可以調整的。
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