本次整治專項行動分兩個階段進行：
（壹）2010年6—7月為檢查梳理階段
衛生行政部門組織對基層醫療衛生機構和民營醫療機構的監督檢查，食品藥品監管部門組織對藥品經營企業的監督檢查。各級食品藥品監管部門根據上壹階段自身工作和各部門反饋的情況，對未標示產品批準文號以及標示虛假、無效批準文號冒充藥品的產品線索進行總結、梳理。
（二）2010年8—10月為集中查處階段
各地食品藥品監管部門對梳理出的線索進行調查，對查實的違法情形及其涉及的生產、經營企業和使用單位依法進行處理。衛生部、國家食品藥品監管局等部門將組成聯合督查組，對重點地區的整治工作進行督查，對重點案件進行督辦。