四川省食品藥品檢驗所非常重視質量體系建設，2003年11月通過四川省技術監督局按照ISO/IEC17025要求進行的計量復評審和擴項認證，2004年獲省科委SPF級動物房合格證書，於2005年4月通過中國實驗室國家委員會（CNAL該名稱為中國合格評定國家認可委員會（nas））正式認可，獲得證書，認可機構證書號：L2064。實驗室認可的通過，加重了省所進入國際市場參與檢測競爭的法碼，獲得了參與國際實驗室雙邊、多邊合作的“通行證”，使省所出具的檢驗數據在歐美及亞太地區眾多個國家獲得承認。2005年10月通過省技監局保健食品檢驗114項認證。2006年4月通過CNAL實驗室認可監督評審，2006年9月，通過了醫療器械、藥包材、保健食品和食品***123項的擴項計量認證。質量體系文件2003年實施《質量（管理）手冊》第壹版，經過與ISO/IEC17025準則和現代管理理念的融合，修訂形成了現行的第三版。以最高管理者為首，全所工作按技術運作、支持服務、質量監督3條主線劃分，形成決策、執行、監督全方位質保網，構築起科學、公正、優質、高效的科學管理體系。