藥品價格在二、三級醫院的零售價不同很正常，只要不超過國家制定的最高限價。
國家規定縣以上政府管理的醫療機構的藥品價格，在國家最高限價的前提下，按進價加15%的差價作為零售價。
醫院藥價的不同主要是進貨渠道不同，進價不同，零售價就不同，譬如：某藥品國家制定的最高限價是20元/盒，甲醫院進價10元，零售價只能是10*1.15=11.5元；乙醫院進價15元，零售價是15*1.15=17.3元，都在最高限價內，都是合法的。
有的醫院鉆空子，如進價10元，但要求銷售商開票按20/1.15=17.39的價格開，零售價就是20元，合法，17.39元和10元的差價扣除增值稅後由經銷商返回醫院。如果有的醫院良心稍好壹點，把開票價定在17.39以下，零售價就低點，這也是醫院價格不同的原因之壹。
國家醫保藥品中的處方藥定價權在國家發改會，非處方藥和地方調劑增補進入地方醫保目錄的藥品的定價權在省（市）物價局。衛生局只是把物價部門的價格文件轉發給醫院，藥監局是不管藥品價格的。
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