外環以灰色為主，代表信任和嚴謹。外環的圖案周圍是北大深圳醫院的中英文全稱。意味著大醫精誠和治學嚴謹的雙重意義。
內環以藍色為主，代表希望與和平。內環的主圖案是壹根蛇形手杖，圍繞蛇形手杖的左右兩側向下延伸出兩個半圓弧，與蛇形手杖巧妙地組成了漢字“中”。北大深圳醫院以維護人類健康為中心，致力於用現代醫學技術和仁愛之心消除壹切危害人類生命的疾病。