招標直接的營銷成本上升。造成醫藥企業進入醫藥招投標程序的門檻很高，招標采購的各種收費也讓企業不堪重負，如檢驗費、樣品費、標書費、招標文件費和中介服務費等。在藥品招標實際操作中，還要花費大量的人力、物力、財力大大提高了制藥企業的成本，經濟負擔很重。
企業的管理格局難以占據主導地位。配送權利因醫藥招標而被鎖定，代理商簽的商業應標單位關系復雜，企業需要整理市場時常常因此而被牽制，‘打斷骨頭連著了筋’代理商要是不做這個市場了，醫藥企業交接很難不付大的代價。壹個地方只有壹個商業中標，經銷商業也有覆蓋不了的區域，可他不簽委托配送協議，妳想覆蓋的區域就根本沒有銷售的資格，新的壟斷環節出現，企業壹般只有再次對其讓利。
企業的流通秩序被打亂。省與省之間的醫藥招標價格不盡相同卻互相參考，導致壹輪更比壹輪的中標價格低。企業給全國代理商的代理價格壹樣，各省各地區的價格差，有了代理企業和經銷企業因地域差價串貨的可能，代理商對中標後價格的接受反應也不盡相同，企業對於市場因此而產生的參差不齊要求難以應付。