商品流通的壹般渠道可分為兩個環節，壹是批發環節，二是零售環節。藥品市場的流通渠道，也是由生產商通過批發商銷售給零售商（包括醫院藥房）。但由於醫藥不分業，中國藥品流通領域有三個環節：藥品批發環節、藥品零售企業和醫院門診藥房。其中，醫院門診藥房作為特殊的、具有壟斷地位的零售環節，占據了80%以上的藥品零售市場份額。這壹狀況極大地影響了藥品流通渠道的發展。新醫改試點改革啟動以來，不少地區開始使用“藥房托管”模式，醫院門診藥房的重要性略有下降。