2011年，恩陽區建成市婦幼保健院，啟動市中心醫院第二醫療區、南江縣人民醫院、通江縣人民醫院等建設，抓好縣區綜合醫院達標升級，完成中心衛生院評審和復評，新建200個標準化村衛生站和5個城鎮社區衛生服務中心。加強疾病預防控制，強化食品藥品安全監管，嚴厲打擊非法和濫用食品添加劑的行為。
縣城內醫療機構：恩陽區人民醫院（國家二級甲等綜合醫院）、恩陽區婦幼保健院、恩陽二甲民營醫院（國家二級民營綜合醫院）（在建）。