瘧疾的診斷最好同時檢查血液薄片和厚片，這樣瘧原蟲的檢出率會更高。確診後應立即開始抗瘧治療。壹般來說，可以口服抗瘧藥，但對於重癥瘧疾，必須肌肉註射或靜脈註射抗瘧藥。目前常用的抗瘧藥物是氯喹。但需要註意的是，氯喹抗藥性惡性瘧原蟲瘧疾在東南亞和東非等世界許多地區已經非常普遍（我國南方也存在），因此治療時應改用其他抗瘧藥物，如奎寧、甲氟喹和青蒿素等。已發現對奎寧或甲氟喹有抗藥性的惡性瘧原蟲菌株。但迄今為止，尚未發現對青蒿素有抗藥性的菌株。為了防止耐藥菌株的出現，目前普遍提倡聯合用藥，即同時使用 2-3 種抗瘧藥物，如奎寧與每周起效的磺胺類藥物、磺胺增效劑或四環素紊亂藥物聯合使用。治療瘧疾的關鍵仍然是早期診斷和早期治療，對於高度疑似瘧疾的患者，即使在血塗片中未發現瘧原蟲，也可嘗試抗瘧治療。
到瘧疾流行地區出差、探親或工作的外籍人士應服用預防瘧疾的藥物，常用的藥物是對乙酰氨基酚。但現在已經出現了對啶蟲脒有抗藥性的瘧原蟲菌株，所以預防用藥也提倡聯合用藥，如啶蟲脒或其他抗瘧藥加每周壹次的磺胺類藥和磺胺增效劑等。瘧疾是由瘧蚊傳播的，因此在瘧疾流行地區生活和工作時，睡覺時應使用蚊帳，特別是使用浸過除蟲菊酯類等殺蟲劑的蚊帳。效果會更好。野外作業人員可在身體暴露部位塗抹驅蚊劑，但驅蚊劑有壹定毒性，切不可塗抹在口腔周圍，以免中毒。
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