將標本(糞便)接種在腸分化培養基如SS選擇培養基中。在37℃培養24小時後，選擇無色半透明的乳糖未發酵菌落，接種到二糖鐵培養基中。傷寒桿菌和痢疾桿菌不發酵乳糖，葡萄糖不產酸產氣，但是痢疾桿菌沒有鞭毛，沒有動力，而傷寒桿菌有。然後用傷寒沙門氏菌和痢疾誌賀氏菌的抗血清進行玻片凝集試驗進行鑒定。
所有乳糖發酵、吲哚陽性或尿素酶陽性的臨床分離物都不被視為沙門氏菌。沙門氏菌的血清學鑒定:
首先，使用A-F多價O的診斷血清進行初步鑒定。
然後用O因子血清鑒定各組(A、B、C、D、E、F組)。
然後用因子H的第二相血清輔助鑒定。
如果生化反應符合沙門氏菌，A-F診斷血清不凝集，就要考慮是否有Vi抗原。待測菌液加熱後，應進行A-F多價O血清凝集試驗。沙門氏菌的鑒定基礎
沙門氏菌的鑒定主要依靠生化反應和血清學診斷。
腸道選擇平板上的無色半透明菌落
起亞:K A +/-
+/- MIU:+ - -
用A-F多價O診斷血清、相應O因子血清和H因子血清進行凝集。
註意Vi抗原的存在；註意，具有相同抗原結構的菌株應通過生化反應進行鑒定。