全科信息系統中的雲his與醫院中原使用his系統區別為：使用架構不同、不同、使用成本不同。
壹、使用架構不同
1、雲his：雲his采用B/S架構，通過電腦、手機上網訪問網頁進行使用。
2、his系統：his系統采用傳統C/S架構，通過專門的客戶端進行訪問使用。
二、範圍不同
1、雲his：雲his適用於中小醫院，能管理醫聯體下屬單位，診所，社區衛生中心，衛生所這壹類的醫療單位。
2、his系統：his系統只適合獨立單機構的大型醫院內部管理，不能管理醫聯體、連鎖醫院。
三、使用成本不同
1、雲his：雲his的使用成本低，軟件免費只收維護服務費。
2、his系統：his系統的使用成本高，需要專門購買、維護費用。