1、采購成本：藥品的采購成本是連鎖藥店最重要的成本之壹，藥品價格的高低直接影響到連鎖藥店的盈利能力和生存能力。
2、儲存成本：藥品需要在特定的環境中儲存，如恒溫、幹燥、避光等條件，同時需要進行分類、貼標簽、盤點等操作，這些都需要人力、物力成本。
3、運輸成本：藥品需要從生產廠家或批發商運輸到各個連鎖藥店，運輸過程中需要考慮溫度、濕度、包裝等因素，保證藥品的質量安全。
4、廢棄物處理成本：壹些過期或破損的藥品需要處理，這也是連鎖藥店的成本之壹。