抗菌藥物分三類管理是為了抗菌藥合理臨床使用管理。
抗菌藥物臨床合理使用管理制度為促進醫院抗菌藥物規範合理使用，避免和減少藥物不良反應與細菌耐藥性的產生，依據藥品管理法處方管理辦法抗菌藥物臨床應用指導原則及抗菌藥物臨床應用管理辦法等制定本制度。
中華人民***和國自2012年8月1日起施行《抗菌藥物臨床應用管理辦法》，依辦法抗菌藥物臨床應用實行分級管理。根據安全性、療效、細菌耐藥性、價格等因素，將抗菌藥物分為三級：非限制使用級、限制使用級與特殊使用級。具體劃分標準如下：
1、非限制使用級抗菌藥物是指經長期臨床應用證明安全、有效，對細菌耐藥性影響較小，價格相對較低的抗菌藥物；
2、限制使用級抗菌藥物是指經長期臨床應用證明安全、有效，對細菌耐藥性影響較大，或者價格相對較高的抗菌藥物；
3、特殊使用級抗菌藥物是指具有以下情形之壹的抗菌藥物：
4、具有明顯或者嚴重不良反應，不宜隨意使用的抗菌藥物；
5、需要嚴格控制使用，避免細菌過快產生耐藥的抗菌藥物；
6、療效、安全性方面的臨床資料較少的抗菌藥物；
7、價格昂貴的抗菌藥物。
8、抗菌藥物分級管理目錄由各省級衛生行政部門制定，報衛生部備案。