法律分析：保健食品專利的申請方式：由當事人親自或委托他人，向國務院專利行政部門提出申請。然後，國務院專利行政部門依法進行審查（初步審查十八個月，實質審查三年）。最後，符合條件的，授予專利權。
法律依據：《中華人民***和國專利法》
第三條 國務院專利行政部門負責管理全國的專利工作；統壹受理和審查專利申請，依法授予專利權。
省、自治區、直轄市人民政府管理專利工作的部門負責本行政區域內的專利管理工作。
第四條 申請專利的發明創造涉及國家安全或者重大利益需要保密的，按照國家有關規定辦理。
第五條 對違反法律、社會公德或者妨害公***利益的發明創造，不授予專利權。
對違反法律、行政法規的規定獲取或者利用遺傳資源，並依賴該遺傳資源完成的發明創造，不授予專利權。
第六條 執行本單位的任務或者主要是利用本單位的物質技術條件所完成的發明創造為職務發明創造。職務發明創造申請專利的權利屬於該單位；申請被批準後，該單位為專利權人。
非職務發明創造，申請專利的權利屬於發明人或者設計人；申請被批準後，該發明人或者設計人為專利權人。
利用本單位的物質技術條件所完成的發明創造，單位與發明人或者設計人訂有合同，對申請專利的權利和專利權的歸屬作出約定的，從其約定。