對胎兒有致畸或明顯毒性作用的藥物，如四環素類、喹諾酮類等，孕期應避免使用。懷孕期間應避免使用對氨基糖苷類、萬古黴素和去甲萬古黴素等對孕婦和胎兒有毒性的藥物。有應用指征時，必須在血藥濃度監測下使用，以保證用藥的安全性和有效性。妊娠感染應使用毒性低、對胎兒和孕婦無明顯影響、無致畸作用的藥物，如青黴素類、頭孢菌素類等β-內酰胺類藥物。
美國美國食品藥品監督管理局(FDA)根據藥物在懷孕期間的危險性將其分為五類:A、B、C、D和X。
A類:經證明對孕婦無危險，可作為藥物選擇的參考，孕期可安全使用。
B類:在動物研究中無危險性，但人體研究數據不足，或對動物有毒性，但在人體研究中無危險性，有明確指征時慎用。
C類:在動物研究中顯示毒性，人體研究數據不足，但服用該藥時患者獲益可能大於風險。當有適用指征時，應充分權衡利弊，決定是否選擇。
D類:已被證明對人類有危險，但仍可能利大於弊，應避免使用，但在有應用指征、患者獲益大於可能的風險時，應在嚴密觀察下慎用。
X類:對人類致畸，危害大於益處，禁用。當孕婦接受氨基糖苷類、萬古黴素、去甲萬古黴素、氯黴素、磺胺和氟胞嘧啶治療時，必須監測其血藥濃度以調整給藥方案。