壹票制：指運雜費、倉儲費及短途汽車運費等費用的票據由代理人留存，向委托人開具全額費用的運輸代理服務專用發票；
兩票制：指以上票據全部或部分由委托人留存，代理人只開具代理服務費和委托人不留存票據部分的運輸代理服務專用發票。
總之“壹票制結算”就是所購貨物實行到廠價格壹票制,讓銷貨方統壹開增值票，將運輸費zhidao用包括在其中。“兩票制結算”就是銷貨方為購貨方開具的增值票額為其出廠價，運費則單獨由運輸方開貨運發票給購貨方。
擴展資料：
“兩票制”實施範圍
公立醫療機構藥品采購中逐步推行“兩票制”，鼓勵其他醫療機構藥品采購中推行“兩票制”。在11個綜合醫改試點省（區、市）和200個公立醫院改革試點城市要率先推行“兩票制”，鼓勵其他地區執行“兩票制”，爭取到2018年在全國全面推開。
“兩票制”藥品購銷票據管理
藥品生產、流通企業銷售藥品，應當按照發票管理有關規定開具增值稅專用發票或者增值稅普通發票，項目要填寫齊全。所銷售藥品還應當按照藥品經營質量管理規範（藥品GSP）要求附符合規定的隨貨同行單，發票（以及清單，下同）的購、銷方名稱應當與隨貨同行單、付款流向壹致、金額壹致。
隨貨同行單、發票及清單、付款，三方的購銷雙方、藥品名稱數量、金額保持壹致增值稅專用發票的銷貨清單應當使用發票系統開具，不得另行打印。
百度百科-壹票制