1、滅菌程度不同：非滅菌口罩是通過環氧乙烷滅菌，也能起到壹定的防護作用。滅菌程度是指口罩在出廠前經過嚴格的滅菌處理，這樣的口罩安全衛生程度更高，所以防護功能更好。
2、微生物指標不同：兩種口罩的微生物指標是不同的，滅菌口罩是要求無菌的，而非滅菌口罩只是對微生物有壹定的要求。
3、滅菌環境不同：壹次性滅菌口罩全車間進行紫外線滅菌，有定點監控裝置，生產時必須穿連體防護服，杜絕壹切二次汙染。而非滅菌口罩基本上都在無塵車間生產。
4、用途不同：非消毒壹次性口罩通常是指普通防塵口罩，這種口罩在工廠車間使用較多，平時遇到霧霾天或大風天氣，也可以佩戴這種口罩進行防護；而消毒口罩在醫院使用較多。