壹、歸屬不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂集團是北京市政府獨資企業，主營業務包括現代制藥業、零售商業和醫療服務，整個集團擁有六個二級集團，三家上市公司現在在A股和港股兩地上市的同仁堂就是北京同仁堂集團旗下的壹家子公司。
2、南京同仁堂：同仁堂集團另壹家上市公司——同仁堂科技，公司主要從事醫藥技術開發、技術咨詢、研究生物制劑，主要產品包括感冒清熱顆粒、六味地黃丸、牛黃解毒片及感冒軟膠囊等。
二、創建時間不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂始創於1669年，至今已有349年的歷史。
2、南京同仁堂：南京同仁堂成立於1926年，原來是北京同仁堂在南京的分公司。不過在1955年公私合營時期，南京同仁堂從同仁堂集團分拆，北京同仁堂歸北京市政府，南京同仁堂歸南京市政府。
三、產品服務不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂的產品服務包括藥品、保健食品、食品、化妝品、參茸飲片等產品。
2、南京同仁堂：南京同仁堂的產品服務包括片劑、丸劑、膠囊劑、顆粒劑、口服液等劑型產品。