如果需要對牡丹鸚鵡進行傷口或局部皮膚消毒，可以選擇使用專門的鳥類消毒劑，例如鳥福林等。這類消毒劑相對溫和，不會對鳥類健康造成太大影響，但仍然需要使用時慎重根據產品說明使用。
此外，對於牡丹鸚鵡的日常護理，如清潔籠子、飲水器等，可以采用壹些物理消毒方式，例如用熱水沖洗、用紫外線燈消毒等，避免使用化學藥品對鳥類健康造成不必要的傷害。