開農藥化肥店是需要繳納增值稅的。
根據《關於對化肥恢復征收增值稅政策的通知》第壹條 自2015年9月1日起，對納稅人銷售和進口化肥統壹按13%稅率征收國內環節和進口環節增值稅。鉀肥增值稅先征後返政策同時停止執行。
第二條 化肥的具體範圍，仍然按照《國家稅務總局關於印發<增值稅部分貨物征稅範圍註釋>的通知》（國稅發〔1993〕151號）的規定執行。進口環節恢復征收增值稅的化肥稅號見附件。
擴展資料：
《中華人民***和國增值稅暫行條例》第十五條 下列項目免征增值稅：
（壹）農業生產者銷售的自產農產品；
（二）避孕藥品和用具；
（三）古舊圖書；
（四）直接用於科學研究、科學試驗和教學的進口儀器、設備；
（五）外國政府、國際組織無償援助的進口物資和設備；
（六）由殘疾人的組織直接進口供殘疾人專用的物品；
（七）銷售的自己使用過的物品。
除前款規定外，增值稅的免稅、減稅項目由國務院規定。任何地區、部門均不得規定免稅、減稅項目。
國家稅務總局——關於對化肥恢復征收增值稅政策的通知