食品藥品監督管理局稽查大隊主要職責：
擬訂食品藥品監督管理稽查制度並監督實施；
負責組織開展食品藥品、受理食品藥品違法違規案件的投訴舉報、依法查處違法行為。
組織、指導和監督地方稽查執法、專項整治、案件查處、應急處理、產品召回等工作。
擬訂食品藥品安全監督管理稽查制度並監督實施，受理食品生產、流通及藥品售賣買環節。
違法違規案件舉報，組織開展食品生產、流通監督檢查，依法查處違法行為，負責直管單位監督管理和重大活動餐飲服務食品安全監督管理。
縣（區）級及以上食品藥品監督管理局是國家行政機關，其工作人員為公務員，工 資、辦公經費等經濟來源，全額納入國家財政預算。
鎮(鄉)食品藥品監督管理所是縣（區）食品藥品監督管理局的派出機構。食品藥品稽查大隊是食品藥品監督管理局的直屬機構，其派出機構（所）和直屬機構（隊）有的是行政編制（含參公），有的是事業編制，因此其工作人員有的是公務員，有的是事業單位人員，也是全額納入國家財政預算。