功能性水產飼料通常根據功能性飼料的功能差異分為藥用飼料和保健飼料。其中，藥物飼料又可分為預防性藥物飼料和治療性藥物飼料，是在飼料中添加預防和治療疾病的藥物制成，主要用於預防和治療水產動物疾病，平時很少使用，僅在流行季節根據病情合理使用。保健飼料是在飼料中添加壹些功能性添加劑制成的，主要用於動物的正常保健和某些功能的調節，通常不具有治療疾病的作用，不能代替藥物使用。
水產原料企業可以嘗試開發的功能性水產飼料有:1，苗期飼料(消化系統不發達，抗應激能力差)，註重產品的消化率、抗病能力和腸黏膜維護，代表產品有“蝦奶粉”、“蟹奶粉”、“魚奶粉”。2.滿足抗應激和維護健康需要的新型飼料；流行病高發時期的功能性飼料(修復肝臟和腸道損傷)；3.越冬等特殊時期的功能性飼料；4、增加體重，減少冬季體重下降；5.改善肉質的功能性飼料；6.改善體色的功能性飼料；7、漁用功能性飼料(餌料)和其他功能性飼料，滿足市場需求。
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