壹個廣為流傳的關於奎寧的故事說，1638 年，當時秘魯總督的妻子 Condessa de Chinchon 患上了間歇性瘧疾，統治安第斯地區的西班牙總督帶來了壹些金雞納樹樹皮磨成的粉末。當地土人告訴總督，這種樹皮可以退燒，果然如此。後來，女伯爵把這種藥帶回了家鄉西班牙，當瘧疾肆虐歐洲大陸時，這種樹皮粉末就成了歐洲人第壹次能夠有效治療瘧疾的藥物[1]。然而，歷史研究表明，事實可能並非如此，總督夫人並沒有患上瘧疾。治療瘧疾最有效的奎寧是在 1737 年發現的，1820 年，兩位法國化學家 Pelletier 和 Caventou 從奎亞樹的樹皮中分離出了奎寧，並以印加人對奎亞樹的稱呼將其稱為奎寧，或奎寧。大規模使用始於 1850 年前後。1850年左右開始大規模使用。
黃花蒿是壹種常見的野生植物，1527 年版的《本草綱目》中提到它 "治瘧疾、傷風、發熱"，1693 年法國傳教士洪若翰曾用它治愈了康熙皇帝的瘧疾。後來，曹雪芹的祖父曹寅患瘧疾，向康熙皇帝索要金雞納霜。蘇州織造李煦奏雲："寅至臣所，醫曰：藥，不能見效，須是藥師救我"。康熙知道後，特地 "賜驛馬連夜前往"，還再三囑咐 "若非瘧疾，此藥不可用，必須認真，萬萬不可怠慢。"藥還沒到，曹寅就死了。
二戰期間，美國斯特林-溫斯洛普公司以此為指導，合成了氯喹，效果很好。戰後，氯喹成為最重要的抗瘧疾藥物。
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