備案時參保患者要向特藥定點醫療機構提交下列資料：
1.基本醫療保險特殊藥品治療（備案/計劃）申請表；
2.參保人員的社會保障卡、西安市醫保卡和身份證等證件；
3.病歷資料：病理診斷、基因檢測及特藥限定範圍的必檢項目、影像報告、病歷、診斷書等能夠證明符合用藥指征的相關醫療證實材料。參保患者將上述材料提交給特藥定點醫療機構醫保辦，由醫院醫保辦核對參保患者特藥申報材料的完整性。特藥責任醫師會對符合條件的參保患者制定用藥方案，由特藥定點醫院醫保辦對特藥責任醫師填寫的有關內容進行系統內數據操作，這樣特藥備案就完成了。
特藥備案完成後，參保患者需要在特藥定點醫療機構開具處方，醫保辦審核確認後，按照特藥結算流程上傳用藥計劃，患者可自願選擇在特藥定點醫療機構或者特藥定點零售藥店結算。
另外，如果參保患者因治療所需按規定使用由藥品生產企業或基金會、慈善總會等慈善機構提供無償供藥期間的特藥費用，醫保基金不再予以支付。