甲類為保障藥品，可100%報銷；
乙類藥品的報銷比例由各地區自行制定
特殊病種和急診搶救藥品經申報也可報銷；
《醫保藥品目錄》中，甲類為保障目錄，其中藥品可100%報銷。 。"確定甲類藥品目錄的原則是全國最貧困縣都能用上。我們確保每個最低分類目錄下都有藥品，但要選擇便宜的藥品"。據了解，國家基本藥物目錄內的治療性藥品全部納入新版藥品目錄甲類藥品。
而對於乙類目錄藥品，各地有15%的調整權。"主要是考慮不同地區的用藥習慣不同，比如北方風寒感冒多見，南方風熱感冒多見"。此外，各地還可以根據基金的承受能力，對乙類藥品設定壹定的個人自付比例，然後再按照基本醫療保險的規定支付。換句話說，乙類藥品不壹定100%報銷。
值得註意的是，工傷保險和生育保險的藥品目錄不分甲乙類，均可報銷。"中藥飲片 "的藥品目錄則采用排除法。中藥飲片則采用排除法，規定基金不支付藥費。對於國家免費提供的抗艾滋病病毒藥品和國家基本公共****，參保人員使用的抗結核藥品、抗瘧疾藥品、抗血吸蟲病藥品，符合公共**** 支付範圍的，基本醫療保險、工傷保險和生育保險基金不予支付；不符合公共**** 支付範圍的，基本醫療保險、工傷保險和生育保險基金按規定支付。基金按規定支付。