1、機構性質不同，國家藥品監督管理局藥品審評中心是國家藥品監督管理局的直屬單位。江蘇省藥品監督管理局審核查驗中心（江蘇省疫苗檢查中心）為江蘇省藥品監督管理局管理的事業單位。
2、主要職責不同：審評中心，負責藥物臨床試驗、藥品上市許可申請的受理和技術審評。審核查驗中心，負責組織制定修訂藥品、醫療器械、化妝品檢查制度規範和技術文件。