冬瓜適宜的貯藏溫度為65438±00℃左右，相對濕度在70-75%之間，要求通風良好。因為這些儲存條件在自然條件下容易實現，所以往往采用地窖儲存或室內儲存。
冬瓜可以碼放在通風倉庫或棚窖裏，也可以放在架子上儲存。碼垛前，地面鋪上幹凈的細沙或稻草、稭稈，再將冬瓜放在上面。壹般編碼成1-3長疊，瓜厚。
壹般冬瓜在田間生長時的擺放狀態是壹樣的，就是臥底生長時要平放，棚子裏直立生長時要直立放置。
冬瓜可以兩疊的形狀疊放，這樣壓力小，通風好，瓜堆穩。只有壹層向上放在直立的甜瓜的莖上。冬瓜在貯藏前期，含水量大，產生大量呼吸熱，要加強通風、散熱、除濕；後期要加強保溫，防止結冰。是大部分冬瓜不能再儲存的主要原因之壹。
壹般在整個儲存期內不要翻箱倒櫃，但要經常檢查，發現病瓜要立即剔除。