1、按病種保障，範圍有限，難以窮盡。壹方面，對於雖非特定病種，但花費高額費用的人群並不公平，導致這類患者多采用門診轉住院方法，浪費了寶貴的醫保資源。另壹方面，隨著病種數量的增加，享受慢病待遇的人數也越來越多，管理難度也日益增大。同時，病種更新和替換困難，容易引發群體矛盾。
2、納入和調整病種缺乏長效管理機制及明確的辦法和標準，應納入多少病種，應納入哪些病種難以明確。在實踐中，各地普遍按照信訪渠道、群眾和專家呼聲等方式、結合經濟承載能力來調整病種範圍。
3、準入管理是短板，無論經辦機構審核、亦或是醫療機構或第三方審核，都難逃部分病例假陽性的問題。
4、按病種管理如何精準化管理有待探索。部分地區為慢性病建立了專門的藥品目錄，但藥品目錄的確定規則尚存在差異。