(壹)按照國家免費醫療規定不能報銷的醫療用品、藥品、殘疾人輔助器具、救護車及其他交通、住宿費用。
(二)打架、酗酒、自傷、自殺、違章操作、交通事故等原因發生的醫療費用。
(三)性病、艾滋病、由國家免費或部分免費治療的傳染病、精神病和在療養院發生的醫療費用。
(四)居民機構、廠礦、大專院校、鐵路、私營企業、私營合同工等各類醫療機構的醫療費用。
(五)因工傷、意外傷害和計劃生育手術發生的醫療費用。
(六)需要在非定點醫療機構治療或未經批準轉往醫院治療的醫療費用。
(七)因身體缺陷進行矯正手術的醫療費用。
(八)器官移植、昂貴檢查(如核磁共振、伽瑪刀、超聲碎石等。)、按摩、醫美、假肢、眼鏡等特色服務；
(九)醫療費、住院費、自購藥品費、營養費、婦女孕檢費；
(十)超出《內蒙古自治區新型農村牧區合作醫療藥品目錄》的；
(十壹)因不接受預防接種和婦幼保健服務而導致疾病的治療費用。
12種慢性病納入合作醫療報銷範圍，年底報銷壹項，2000元以下20%，2000元以上30%，封頂線1萬元。
1)風濕、風濕病；(2)中風後遺癥；(3)癌癥化療；(4)肺氣腫和支氣管哮喘；(5)慢性腎病、尿毒癥(6)高血壓；(7)糖尿病；(8)器質性心臟病；(9)肝硬化和慢性胰腺炎；(10)結石病(11)地方病(如砷、氟、布氏桿菌病)(12)是目前醫療上無法治愈的疾病。