腦結核瘤的治療多主張先采用藥物治療4～8周，再通過CT或MRI復查，若癥狀不改善，結核球不縮小，再考慮手術切除。藥物治療抗結核藥物的選擇原則與結核性腦膜炎相同，即異煙肼、利福平、乙胺丁醇和鏈黴素聯合應用，多能獲得理想的療效。
常規治療方案：以異煙肼為主聯合鏈黴素、利福平或乙胺丁醇，或異煙肼、利福平和乙胺丁醇三聯療法，如經治療後癥狀好轉，3個月後可改為異煙肼和乙胺丁醇二聯療法，總療程為1.5～2年。二線抗結核藥物有吡嗪酰胺、對氨基水楊酸、乙硫異煙胺、環絲氨酸、卡那黴素、丁胺卡那黴素（阿米卡星）等。由於抗結核治療的耐藥情況有逐漸增加的趨勢，因而采用3～4個壹線藥物聯用或壹、二線藥物合用。
在治療過程中個別病例在癥狀改善的同時，反而出現病變體積增大，並伴有表淺淋巴結增大，稱為“反常性膨脹”，出現這種情況時治療方案可以不變，只需停用激素，但有時這種情況可持續1年左右。