硫酸氨基糖軟骨素和鹽酸氨基糖軟骨素，這兩種氨基糖最大的區別在於結合的酸根不同，都是以氨基糖為主要成分。
就氨基糖的含量而言，鹽酸氨基糖的氨基糖比例略高於硫酸氨基糖。在相同劑量的氨糖中，鹽酸氨基糖能補充更多的氨糖。但從在體內的利用率和轉化率來看，硫酸氨糖的轉化率要高於鹽酸氨糖，而且鹽酸氨糖還可能刺激腸胃，產生胃痛等不良反應，其可能性也要高於硫酸氨糖。
硫酸氨是現在比較推薦的氨基磺酸鹽，壹是轉化率高，二是副作用小可以忽略，這也是我買硫酸氨的原因。但也需要註意，硫酸化氨基糖在合成過程中需要進行氯化鈉作為穩定劑，含鹽量較高，所以服用硫酸化氨基糖會不利於控制鹽的攝入。