常用的消毒方法大致可分為三類，即物理消毒法、化學消毒法和生物學消毒法。
（1）物理消毒法
是指用物理因素殺滅或消除病原微生物及其他有害微生物的方法。其特點是作用迅速，消毒物品不遺留有害物質。常用的物理消毒法有：自然凈化、機械除菌、熱力滅菌和紫外線輻射等。
（2）化學消毒法
是指用化學藥品進行消毒的方法。化學消毒法使用方便，不需要復雜的設備，但某些消毒藥品有壹定的毒性和腐蝕性，為保證消毒效果，減少毒副作用，須嚴格按照要求的條件和使用說明。
（3）生物學消毒法
是利用某些生物消滅致病微生物的方法。特點是作用緩慢，效果有限，但費用較低。多用於大規模廢物及排泄物的衛生處理，常用的方法有生物熱消毒技術和生物氧化消毒技術。