1、銷售範圍不同
甲類otc（紅色）只能在具有《藥品經營許可證》配備執業藥師或藥師以上技術人員的社會藥店，醫療機構藥房零售的非處方藥。甲類非處方藥須在藥店由執業藥師或藥師指導下購買和使用。
乙類otc（綠色）除了社會藥店和醫療機構藥房外，還可在經過批準的普通零售商業企業零售的非處方藥。乙類處方非處方藥安全性更高，無需醫師或藥師的指導就可以購買和使用。
2、安全性不同
凡具有《藥品經營企業許可證》的單位（要求配備執業藥師），可以經營處方藥與非處方藥（包括甲、乙兩類），經省級藥品監督管理部門或其授權的藥品監督管理部門批準的其它商業企業只能零售乙類非處方藥。這樣，乙類非處方藥除可在藥店出售外，還可在超市、賓館、百貨商店等處銷售。
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3、價格不同
甲類藥品是臨床必需、使用廣泛、療效好、同類藥品中價格低的藥品。乙類藥品是指治療選擇使用,療效好,同類藥品中比甲類藥品價格略高的藥品。乙類比甲類更安全。消費者要正確使用非處方藥，必須切記在使用前應仔細閱讀使用說明書。
OTC的甲類要比乙類的的療效確切，安全性大了，而且相同用途OTC的甲類要比乙類的價格便宜，醫保藥品目錄中OTC的甲類要比乙類占的比重大。
參考資料：
/baike.baidu.com/item/%E7%94%B2%E7%B1%BBOTC"target="_blank">百度百科-甲類OTC
/baike.baidu.com/item/%E4%B9%99%E7%B1%BBOTC"target="_blank">百度百科-乙類OTC