1、促進營養物質的消化吸收
益生菌在動物腸道繁殖過程中能合成多種維生素，如葉酸、泛酸、核黃素、維生素 B 等，可促進動物對蛋白質、鐵、鈣及各種離子的吸收。曲黴菌、黑曲黴等曲黴菌能產生纖維素酶、澱粉酶、蛋白酶、果膠酶等，有利於動物對纖維性食物的消化、吸收和利用。芽孢桿菌和乳酸桿菌能促進動物小腸粘膜皺紋增多、外觀變長、隱窩加深，增加小腸的吸收面積，從而提高消化吸收營養物質的性能。
2、降血脂
近年來，高血脂心血管疾病意見成為人類死亡的主要原因。實踐證明，益生菌能抑制脂肪酸和膽固醇的生成，促進碳水化合物生成短鏈脂肪酸和其他鹽類，從而調節脂質代謝，且價格低廉，無副作用，具有良好的應用前景。直接服用益生菌可提高膽固醇和低密度脂蛋白膽固醇水平。
3、降低血壓
有研究發現，益生菌發酵過程中通過其胞外蛋白酶、肽酶（縮氨酸酶、氨肽酶）的水解作用，降解蛋白質產生血管緊張素轉換酶抑制肽，這種抑制肽可通過黏膜迅速消化進入血液起到降低血壓的作用。
4、減輕腹瀉和腸道炎癥
益生菌通過消化道黏膜表面的壹些特殊成分與黏附在壹起，排除致病菌對正常細胞的黏附和侵襲。有研究發現，乳酸菌可通過誘導上皮細胞分泌黏蛋白，增強上皮細胞的屏障功能
5.優化腸道和體外環境
益生菌能在腸道中產生有害物質利用酶，如氨基氧化酶、氨基轉移酶或分解硫化物的酶。這樣，腸道中的遊離氨和吲哚等有害物質就會減少，腸道、糞便、血液中的氨也會減少，並排出體外。
6、免疫調節
益生菌能有效提高幹擾素和巨噬細胞的活性，並通過產生特異性免疫調節因子來激發機體的免疫功能，增強機體的免疫力和抵抗力。通過在嬰兒期補充益生菌來調節腸道微生物群，可以預防過敏等壹些免疫介導的疾病。
益生菌的作用可歸納為以下十個方面：
維持腸道正常功能；
緩解乳糖不耐受癥狀；
促進消化和吸收；
增強人體免疫系統；
預防癌癥和抑制腫瘤生長、
減輕過敏反應，
降低血清膽固醇，
益生菌治療肥胖癥，
益生菌治療糖尿病，
益生菌對大腦和行為的影響，等等。
用壹句話概括益生菌對人體的作用及如何補充：益生菌參與人體健康的核心平衡--營養平衡、菌群平衡、免疫平衡，是否需要補充益生菌要了解個體的菌群狀態，通過測定菌群，補充缺乏的益生菌和益生元，精準調節菌群，阻止腸道老化，從而增強體質，延年益壽。