脫硫廢水中的雜質主要來源於煙氣和石灰石。煤中的多種元素，如F、C1、Cd等，在燃燒過程中產生多種化合物，隨煙氣進入脫硫裝置吸收塔，溶解於吸收漿液中。脫硫廢水壹般呈弱酸性，pH為4～6，懸浮物含量高(脫硫廢水中的懸浮物主要是石膏顆粒、二氧化矽，以及鐵、鋁的氫氧化物)，陽離子為鈣、鎂等離子，含量極高，鐵、鋁含量較高，其它重金屬離子含量不高，陰離子主要有CI壹、S042壹、SO]-．F‘等，化學耗氧量與通常的廢水不同，在脫硫廢水中，形成化學耗氧量的主要因素不是有機物，而是還原態的無機物連二硫酸鹽l3]。雖然脫硫廢水量壹般不大，但由於水質特殊，不能排入火電廠工業廢水處理系統處理，需要設置單獨處理系統 。脫硫廢水的處理方法有：水與經濃縮脫水的石膏混合後排至幹灰場，廢水中的重金屬及酸性物質與飛灰中CaO結合固化石膏；利用電除塵器與空氣加熱器之間的煙道問隙，加熱蒸發脫硫廢水；專用脫硫廢水化學中和處理；用於水力沖灰。
脫硫廢水處理工藝采用物化法。針對脫硫廢水中主要汙染物重金屬和懸浮物通過添加化學藥劑使其沈澱，再通過澄清器將沈澱物分離，出水排放，沈澱汙泥通過板框機脫水後外運處理，從而達到去除廢水中汙染物的目的。
廢水通過管路流入中和箱，同時按比例加入制備合格的石灰漿液，將中和箱pH調整到9.2+0.3，此pH範圍適合大多數重金屬離子的沈澱。並非所有重金屬可通過與石灰漿作用形成很好的沈澱，其中主要是鎘和汞。因此，需要在沈降箱中按比例加入重金屬沈澱劑有機硫化物(TMTl5)。
為了提高沈降效果，需向絮凝箱中按比例加入絮凝劑硫酸氯化鐵(FeC1SO )，使氫氧化物、化合物及其它固形物從廢水中沈澱出來。為了讓絮凝後的廢水中產生的細小礬花積聚成大顆粒，以便於廢水進入澄清池後更快的沈降，在絮凝箱出口管路上添加助凝劑聚丙烯酰胺(PAM)。加藥混合反應後的廢水在重力作用下流入澄清池，進行固液分離。澄清池出水在出水箱中通過添加HC1將pH調整為標準要求的範圍(6～9)內排放。
電廠脫硫廢水處理藥品是化學品，直接接觸對人體有傷害，但穿戴勞保用品合理使用，沒有影響。