中國的安全環境比歐洲和美國要復雜的多。阿裏雲做了很多在國外都沒有過的安全措施。像銀行這類對安全性、可靠性、穩定性要求非常高的客戶，也在使用阿裏雲。
阿裏雲分步式文件系統會把每壹個文件切成64K的碎片，加密存儲在服務器上，並進行3份拷貝，本機、交換機、跨交換機各壹份，保證文件存儲的安全。
為確保數據不被運維人員非法接觸，阿裏雲采用堡壘機登錄運維數據庫，制定了嚴格的系統安全管理制度，從技術上和管理上兩個角度保障數據安全。
2013年12月，阿裏雲計算獲得全球首張雲安全國際認證金牌（CSA-STAR），這也是英國標準協會BSI向全球雲服務商頒發的首張金牌。
2014年11月運行在阿裏雲計算上的“中國藥品電子監管網”，正式通過國家信息安全等級保護測評。這是全國首例部署在“雲端”的部委級應用系統，通過國家權威機構測評，意味著阿裏雲數據安全通過嚴格考驗。
2014年12月，部署在阿裏雲上的壹家知名遊戲公司，遭遇了全球互聯網史上最大的壹次DDoS攻擊，攻擊時間長達14個小時，攻擊峰值流量達到每秒453.8Gb。阿裏雲安全防護產品“雲盾”，幫助其成功抵禦此次攻擊。面對瘋狂的攻擊，該遊戲公司業務平穩運行，阿裏雲計算平臺也未受影響。
2015年9月，籌備了近壹年的阿裏雲安全生態圈浮出水面。目前，包括安恒、Array Networks、深信服、山石在內14家國內外知名安全服務商已經上雲。通過團結更多安全力量，阿裏雲將進壹步提升雲平臺的安全防禦實力，讓雲上用戶有更多安全選擇。同時，也推動了傳統安全廠商上雲，積極擁抱DT時代。