另壹方面，洛克菲勒在生命的最後 40 年裏致力於慈善事業，主要是教育和醫療領域。1897 年，他正式結束了對標準石油公司的直接管理，但仍持有多數股份。他出資成立了洛克菲勒研究所，資助北美的醫學研究，包括根除十二指腸寄生蟲和黃熱病，幫助野口英世進行研究，還為抗生素的發現做出了巨大貢獻。同樣難能可貴的是，他非常關心黑人社區，花費巨資提升黑人教育水平，開辦了各種學校。他還是虔誠的北方浸信會教徒，壹生支持了許多教會組織。
他創辦了兩所當今美國最頂尖的大學：芝加哥大學和洛克菲勒大學。如今，洛克菲勒家族的地標性建築遍布紐約市，如聯合國總部大樓和洛克菲勒中心。
洛克菲勒堅信，他的人生目標是 "盡可能多地賺取其他競爭商人的錢，並用這些錢來發展人類的利益"。他千方百計使自己成為壹個空前富有的人，但他不煙、不酒、不賭、不色，生活可謂節儉自持，晚年又將大部分財產捐獻出來資助慈善事業和研究，開啟了美國富豪行善先河，為今人如比爾-蓋茨和沃倫-巴菲特等富豪寫下了先例，使他成為美國近代史上最富有傳奇色彩和爭議的人物之壹。
洛克菲勒出身貧寒，是家中六個孩子中的老二。他的父親是威廉-艾弗裏-洛克菲勒（William Avery Rockefeller，1810年11月13日-1906年5月11日），母親是伊萊紮-戴維森（Eliza Davison）。母親是伊萊紮-戴維森（Eliza Davison，1813 年 9 月 12 日-1889 年 3 月 28 日）。他的父親是壹個賣假藥和重婚的江湖騙子，不是壹個正直的人，因此洛克菲勒壹生都與他保持著距離，但父親精於算計的商業頭腦給年輕的洛克菲勒留下了積極的影響。與此形成鮮明對比的是，他的母親是壹位虔誠的浸禮會教徒，生活嚴謹，並向他灌輸了勤儉節約的觀念。兒時的同齡人形容他口齒伶俐、做事有條不紊、心思縝密。
1853年，他舉家遷往俄亥俄州的克利夫蘭。1855年9月，16歲的洛克菲勒經過六周的求職，終於開始了他的第壹份工作，在休伊特& 塔特爾公司擔任簿記員。當時他的月薪是17美元。他用第壹份薪水向自己承諾，要在余生將財產的十分之壹捐給慈善機構。三年後，也就是1858年，19歲的洛克菲勒辭去工作，與莫裏斯-克拉克（Maurice B. Clark）合作，開始獨立經營農產品轉售業務。
1859年，賓夕法尼亞州挖出了世界上第壹口油井，無數人瘋狂地湧向西北部，在那裏胡亂地挖了幾千口油井，自然也包括鄰近的克利夫蘭。看到這種情況，洛克菲勒判斷："原油價格必將暴跌，真正賺錢的是煉油，而不是鉆井"。歷史證明他是對的。沒過幾年，原油暴跌，煉油速度遠不及鉆油速度，許多石油鉆井商為了避免破產，必須低價出售原油。1863年，和克拉克兩人終於行動起來，成立了克拉克&公司；洛克菲勒則轉向煉油投資，並吸納了另壹位合夥人、化學家安德魯斯（Samuel Andrews）。
1865年，洛克菲勒與老搭檔克拉克在商業政策上發生了嚴重爭執。結果，洛克菲勒背負了大量債務以籌集現金，並設法在拍賣會上以 72500 美元（對當時的他來說是壹筆巨款）的價格買下了克拉克的全部股份，公司更名為洛克菲勒與安德魯斯公司，克拉克則離開了標準石油公司。這次拍賣通常被後來的歷史學家視為洛克菲勒歷史上以及整個石油史上最重要的戰役之壹。
1864年，洛克菲勒與勞拉-斯佩爾曼-洛克菲勒（Laura Spelman Rockefeller）結婚。他再也沒有談過第二次戀愛。他們育有四個女兒和壹個兒子，這個唯壹的兒子後來繼承了他的大部分生意。
1866年，他讓弟弟威廉-洛克菲勒成為商業夥伴，1867年，他又讓亨利-M-弗拉格勒成為另壹位合夥人，洛克菲勒、安德魯斯和弗拉格勒煉油公司就此誕生。洛克菲勒、安德魯斯和弗拉格勒公司的前身就是標準石油公司。在隨後的兩三年裏，洛克菲勒選擇了高風險的極端方法，大量舉債增資，大量投資，大量開發副產品，結果都取得了成功。到1868年，洛克菲勒、安德魯斯& 弗拉格勒在克利夫蘭擁有了兩個煉油區，在紐約擁有了壹個貿易站，成為世界上最大的煉油商。
1870年與人合辦埃克森-美孚石油公司，到1880年幾乎壟斷了整個石油業，並組建了美國第壹個大型托拉斯。
1892年，法院裁定美孚石油公司信托基金屬於非法壟斷，他被迫將財產轉移到公司名下的分公司，但仍由原來的董事會集中經營。
1899年，他將各分公司聯合起來，成立了新澤西美孚石油公司。在他的壹生中，他積累了大量財富，並捐資建立了芝加哥大學和許多慈善機構。
如果約翰-洛克菲勒（1839-1937 年）在世，按今天的美元計算，他的身價大約為 2000 億美元--根據 2003 年福布斯億萬富豪排行榜，當時的世界首富比爾-蓋茨的身價為 407 億美元。在紐約，洛克菲勒家族的過去隨處可見：摩根大通、洛克菲勒中心、洛克菲勒基金會、現代藝術博物館以及洛克菲勒大學（世界生命科學領域的頂尖大學之壹）。就連青黴素作為非專利藥物的普及，也與洛克菲勒家族有著千絲萬縷的聯系。老洛克菲勒的遺產仍然主導著世界石油工業，他本人就是當今無處不在、無所不能的西方石油工業的人格化象征。
據悉，該排行榜所引用的個人總資產是上榜富豪資產峰值的全部數據。而且，當時的美國國內生產總值（GDP）與之對照，換算成2006年的美元價值。因此，如果約翰-洛克菲勒今天還活著，他的資產將是比爾-蓋茨的數倍。