（1）滅菌不徹底
這種原因的特點是汙染率高造成的，早期發生汙染的部位多發生在培養基的不規則部位--培養基的上中下可出現遊離菌落。這類汙染通常發生在接種培養 3-5 天後。滅菌不徹底往往與以下因素有關：
①培養基原料的性質 不同的原料導熱性不同，微生物基數不同，滅菌所需的時間也不同。因此，滅菌時應根據不同培養基的性質掌握滅菌時間。常用培養基原料與滅菌時間長短的關系為：木屑<草<木塞<糞草<谷物（表2-1）。
表 2-1 常用滅菌器的滅菌壓力、溫度和時間
木屑類滅菌時間最短，谷類種子滅菌時間最長。滅菌溫度和時間應根據培養基的性質而定，既要做到徹底滅菌，又要盡量避免破壞其營養成分。應盡量采用高壓滅菌器滅菌，特別是對糞草和谷物種子，因為在高溫條件下，微生物的死亡速度比有機物的破壞速度快，從而達到縮短滅菌時間的目的，既無菌又能保護營養成分。表 2-2 給出了細菌熱致死溫度與時間的關系。
表 2-2 細菌熱致死溫度與時間的關系
從原料的營養成分來看，糖、脂肪、蛋白質含量越高，導熱性越差，對微生物的保護作用越強，殺菌時間相對較長。
從原料的天然微生物基數來看，微生物基數越高，滅菌時間越長。因此，配制好培養基後應及時滅菌，以免有害微生物大量繁殖。滅菌材料的細菌基數與滅菌溫度和時間的關系見表 2-3。
表 2-3 孢子數與致死時間的關系
②培養基的含水量和均勻性 水的導熱性能要比木屑、谷物等固體培養基強得多，如果培養基配制得預先濕潤均勻，吸水性強，含水量適宜，達到滅菌溫度的時間就短，滅菌就容易徹底。相反，如果培養基中混有 "幹料"（俗稱 "夾生"），蒸汽就不易滲入幹燥處，達不到徹底滅菌的效果（表 2-4）。
表2-4 濕熱滅菌與幹熱滅菌的穿透力比較
3 培養基的酸堿性 由於H+具有加速生命停止的作用，所以在物料和含水量相同的情況下，適合酸性木質栽培食用菌生長的培養基比適合中性或微堿性草菇生長、雙孢蘑菇生長的培養基滅菌的時間短（表2-5）。
表 2-5 培養基 pH 值與滅菌時間的關系
④容器 玻璃瓶比塑料袋導熱慢，在使用相同培養基和相同滅菌方法時，瓶裝菌種的滅菌時間比塑料袋略長。
5 滅菌方法 相對而言，高壓滅菌可用於各種培養基的滅菌，而常壓滅菌對於滅菌難度較大的糞草種子和谷物種子來說，要達到完全滅菌的效果並不容易。目前，技術發達的日本、美國等專業菌種場都采用了超高溫瞬時滅菌技術。高壓滅菌的關鍵是排出冷空氣，否則，滅菌室內無法形成飽和蒸汽壓，滅菌溫度達不到壓力表指示的壓力對應溫度（見表 2-6）。
表 2-6 冷風排出程度與鍋內溫度、壓力的關系
自動殺菌時應註意鍋與殺菌室的相對位置要合理，最好使竈中竈四角成圓弧形，使竈內均衡升溫，同步殺菌，竈頂成圓弧形，有利於冷凝水沿四壁下流而不打濕棉塞。鍋小、水少、火力不足，也往往是殺菌不徹底的常見原因。
6滅菌容量和堆放方法向蒸汽鍋爐投料的蒸汽高壓鍋，要註意鍋爐蒸發量與鍋容積相匹配，用煤蒸汽發生器、油蒸汽發生器或電熱高壓鍋，以每次容量200～500瓶（750毫升）為宜，常壓滅菌鍋以每次容量不超過1000瓶（750毫升）為宜。容量增加時，滅菌時間應適當延長。
鍋內物品以疊放的形式進行殺菌對殺菌效果有顯著影響，特別是以塑料袋作為容器時，這種影響更大。因為塑料袋是受熱軟化的，如果材質不嚴實，疊放堆放時，很容易將升溫前的空隙留滿，不利於蒸汽的循環和升溫，影響殺菌效果。塑料袋擺放時，應疊放3～4層為度，不能無限疊放，鍋碗瓢盆要用擱板。有條件的最好使用鐵筐、殺菌筐。
（2）密封性差
這類汙染發生在破損處。常出現在用罐頭瓶作容器、聚丙烯薄膜作覆蓋物的原種和栽培種上，用塑料袋作容器的邊角褶皺也時有發生。聚丙烯塑料經高壓滅菌後比較脆，在搬運過程中，緊貼瓶口或有折角的地方很容易破損，形成肉眼不易看到的沙眼，侵入真菌孢子而導致汙染。
（3）設備設施消毒不嚴造成無菌狀態改變
滅菌前的菌種瓶（袋）已達到無菌狀態，但滅菌後的冷卻和接種環境達不到潔凈無菌，生產設備和生產環節分散，往往忽視了現場的大環境衛生，造成汙染。冷卻過程中，隨著物料溫度的降低，瓶（袋）內氣壓降低，雜菌孢子隨著其內外氣壓的動態平衡向瓶（袋）內移動、定植。瓶、袋內灰塵（附著孢子）較多，成為接種操作的汙染源。
（4）雜菌接種
這類汙染的特點是雜菌菌落先從種塊中生長出來，雜菌的種類相同，壹般成批發生，且出現較早，接種3～5天肉眼即可識別。如壹個被汙染的親本種會造成擴繁後的4～6瓶原種全部汙染；壹瓶被汙染的原種（有時肉眼難以發現）造成擴繁後的30～50瓶栽培種汙染。克服這類汙染應嚴把菌種質量關，不僅在使用前要認真檢查，而且在整個栽培過程中都要不斷檢查和觀察，以保證菌種的純度。
（5）接種操作汙染
這類汙染壹般發生在接種口，接種物帶菌和滅菌不徹底的汙染發生較晚，壹般在接種後7天左右。其汙染原因主要有：接種室（箱）空氣滅菌不徹底；菌種瓶（袋）冷卻後表面附有菌種；接種物自身清潔度差；違反接種程序等。需註意以下技術環節：
①滅菌時不要使棉塞濕碼，棉塞不要接觸鍋壁；滅菌結束後要自然冷卻，不能強行冷卻；當冷卻到壹定程度時，稍打開鍋門，使鍋內余熱向棉塞上蒸發水蒸氣；滅菌的同時，可滅菌若幹棉塞，留接種時要換濕棉塞。
②冷卻滅菌後的小瓶（袋）不能直接放在塵土飛揚的地面上冷卻。冷卻前可采用紫外線燈照射和噴淋相結合的方法進行空氣消毒。
③嚴格消毒接種室（箱）使用前必須嚴格消毒；接種操作人員在緩沖間內必須穿戴專用衣帽（定期清洗）；接種前消毒雙手。
④科學操作做好接種前的壹切準備工作，壹次接種不間斷，壹氣呵成；接種過程中要少動、少說話，減少空氣振動和流動；接種室（箱）絕對無菌，只有酒精燈火焰周圍很小的範圍，接種操作應盡量在小範圍內完成；拔塞子時，不能用力直線拔起，而應旋轉著慢慢拔出，避免外界空氣突然進入而帶入雜質。外界空氣突然進入而帶入雜菌；接種室（箱）每次接種量不宜過大；接種時，接種工具壹旦觸及非無菌物品，如外面的藥瓶、操作臺等，切勿用來取種，必須重新用火灼燒滅菌。
（6）培養環境不潔或濕度過高
這類接種汙染率低，隨著培養時間的延長，汙染率逐漸增高。壹般在接種 10 天後大量發生，甚至在培養基表面已長滿菌絲後，才陸續出現汙染。
（7）綜合防治措施
①從有信譽的科研和專業機構引進優良可靠的原種，做到來源清楚，性狀明確，菌種質量優良，並做好出菇試驗，做到使用壹代，試驗壹代，貯藏壹代。
②按照菌種生產各環節的要求，合理科學規劃設計廠房布局，配置專業設施、設備，提高專業化、標準化、規範化生產水平。
③嚴格按照菌種生產工藝流程進行選料、配料、包裝、滅菌、冷卻、接種、培養和質量檢測。
④嚴格選擇用於擴大生產的菌種，容不得半點懷疑，確保接種物的純度。
⑤提高從業人員的技術素質，規範操作；生產現場要定期清掃、消毒，保持大環境整潔。
⑥專業菌種場要建立技術管理規章制度，確保技術到位，保證生產的準確性。