1、微生物實驗室的設計要合理規劃出各個科室，壹般包括制劑室、微生物培養室、儀器消毒清洗室、純水室、檢驗室、菌種室、儲存室等。
2.各部門之間應設置隔離區，並安裝隔離門。重要實驗室應設置緩沖區，進入實驗室的人員可在緩沖區進行第二次清洗和更衣。
3.實驗室(包括緩沖室)的圍護結構內表面應光滑、耐腐蝕、防水，以便於消毒和清洗。所有縫隙都應可靠密封。實驗室裏所有的門都可以自動關閉。
4、除觀察窗外，不得設置任何窗口。觀察窗要求密封結構，使用的玻璃是不易碎的玻璃。地面應無滲漏，平整但不滑。不得使用地磚、水磨石等有縫隙的地面。
5.通風空調系統為直列式系統，不允許部分回風系統。
6、實驗室家具應牢固可靠。為了便於清潔，各種家具和設備之間要留有壹定的間隙。應有專門的平臺(架)放置生物廢棄物容器。家具和設備的邊角和凸出部分應光滑無毛刺，圓弧合適。
比如知名實驗室建設者龍勝研究院，就是微生物實驗室建設領域的成功案例。龍勝研究院分為四期，為多層建築，分期建設。大橡樹集團為其提供包括實驗室裝修系統、實驗室凈化系統、實驗室成品功能分區、實驗室承重設備及附屬設施(包括通風櫃、生物安全櫃)、實驗室通風系統、實驗室廢氣處理系統、實驗室智能系統、實驗室集中供氣系統、實驗室純水系統等全方位服務。