黑木耳在生育過程中，如果管理粗放或在高溫高濕的條件下往往病蟲害發生嚴重。為害黑木耳的雜菌，較常見有黑疔、革菌、多孔菌、青黴、木黴等。
木耳培養料在裝袋之後要進行嚴格的滅菌處理：
采用常壓滅菌方式，提前將滅菌鍋鍋屜放好，要求鍋屜離鍋水平口約10厘米，上面放麻袋片，17cm×33cm的菌袋滅菌時需裝在鐵筐中或在蒸鍋內搭架子，16cm×52cm的菌袋滅菌時培養袋依長向平放成“#”字重疊排列在鍋屜上。行間距3公分，便於內部空氣流通。然後用塑料和棉被將鍋封嚴，待菌袋內溫度達100℃後再保持12小時。滅菌後當菌袋溫度降到60℃時趁熱出鍋，將菌袋送入接種室進行冷卻。
待袋中料溫降至30℃以下時，就可進行接種。接種要做到無菌操作，菌袋接種程序為：將冷卻的菌袋放入接種箱內；栽培種瓶外壁用75%酒精擦拭 消毒後也放入接種箱內，然後用每立方米5克高錳酸鉀，10毫升甲醛熏0.5～1小時。接種時點燃酒精燈，用滅菌的鑷子將栽培種弄碎，在點燃酒精燈的無菌區內，使瓶口對著袋口，將菌種均勻地撒在袋內料表面上，形成壹薄層，這樣黑木耳菌絲萌發快，搶先占領料面，以抑制雜菌侵染。
其他預防措施：
1.在砍樹、剃枝、截段、翻堆等過程中，盡量不要損傷樹 皮，截口和傷口要用石灰水消毒，以防雜菌侵入。
2.選用優良菌種，適當提早接種季節，把好接種質量關，使黑木耳菌絲在耳木中首先占優勢，以抑制雜菌為害。
3.認真清理耳場，並撒施石灰粉進行地面消毒和噴200倍的敵敵畏藥液消滅越冬害蟲，以切斷病源和蟲源。
4.耳木上出現雜菌，應及時刮除，以防孢子擴散，並用石灰水 洗刷耳木，放於烈日下曝曬2～3天，然後再用來蘇爾噴霧殺滅。