EM菌在水產養殖的使用效果：
1.控制水環境中氨、硫化氫等有害物質含量，調控養殖池微生物生態結構；
2.增強水產動物免疫功能，預防病害，增進健康，降低發病率及死亡率；
3.促進生長發育、增重，增加產量；
4.無汙染，成本低，收效大，改善肉質；
5.凈化水質，改善環境，延長換水間隔。
6.減少病原菌，平衡微生態，減少藥物的使用，保障環境安全。
下面從幾方面闡述好旺農em菌的使用及方法。
1．池塘在春天註水後使用
漁塘清塘後，向塘裏註水，每畝用1～2千克EM菌，代替石灰均勻噴灑，起到凈化水體的目的。用時要註意兩方面：壹是要等到清塘藥物毒性失去後噴灑；二 是不能和石灰同時使用。
2．定期在池塘中使用
在魚種放養後，每畝用4千克“好旺農水產em菌液”定期潑灑水面，開始15天壹次，以後1個月壹次，若發現水質有惡化跡象，用量應增加。
3．投餵顆粒料時使用
由於水產EM菌具有節省飼料，降低成本，提高水產品品質等功能，所以在餵顆粒料時，可用較高濃度的剛菌稀釋液噴灑顆粒料，以噴濕為度，噴完之後立目口就餵。
4. 漁塘使用糞便時使用
使用糞便肥水或作飼料時，都要發酵，然後再使用。如果在發酵過程中用好旺農EM菌處理，效果會更佳，它不但可以除氨去臭，還可以殺滅有害菌，具體用量為：“ 好旺農水產em菌液”與糞便比例為1：(200～300)。
5．防治魚病上使用
在魚病季節到來之前，如“大麥黃”時，草魚腸炎病流行，此時可用EM菌拌餌，能夠有效地預防腸炎病的發生流行。
實踐證明，用EM菌養魚蝦從未發生過爛尾現象；用EM原液防治鱉病療效也非常顯著，具體方法：水池潑灑濃度為1ppm—5ppm，重要時期為5ppm—10ppm，治療疾病時則以10ppm為宜，拌飼料時兌水濃度為3‰。註意EM不能與殺菌劑或抑菌劑同用。
EM菌是由80多種有益微生物組成，自日本引進後，在我國的種植、養殖、水產等高產高效方面創造了許多奇跡。實踐證明，使用EM菌後各種動物、植物產量高、品質優、口感好，價格成倍提高，其經濟效益比壹般的種植、養殖場提高數倍。