(二)強化縣級衛生部門的管理職責。縣級衛生行政部門要將鄉村醫生和村衛生室納入管理範圍，對其服務行為和藥品、器械使用情況進行監管。要建立健全符合村衛生室功能定位的規章制度和業務技術流程，組織鄉村醫生培訓。要科學劃分鄉鎮衛生院和村衛生室功能，合理分配基本公共衛生服務任務，加強績效考核。考核結果在所在行政村公示，作為財政補助核算和鄉村醫生在村衛生室執業動態調整的依據。縣級衛生、財政、物價等部門要加強對鄉村醫生和村衛生室補助資金使用的監管，督促其規範會計核算和財務管理，公開醫療服務和藥品的項目和價格，做到收費有據可查、賬目有據可查、支出有據可查。
(三)加強鄉鎮衛生院對村衛生室的業務指導和管理。鼓勵各地在不改變鄉村醫生身份和村衛生室法人和財產關系的前提下，積極推進鄉鎮衛生院和村衛生室壹體化管理。縣級衛生行政部門委托鄉鎮衛生院對鄉村醫生和村衛生室進行技術指導、業務和醫療器械供應管理及績效考核。鄉鎮衛生院要通過業務講座、例會等方式，加強對鄉村醫生的業務指導，對鄉村醫生和村衛生室的藥品設備供應使用和財務管理進行日常監管，在縣級衛生行政部門的統壹組織下，對鄉村醫生和村衛生室的服務質量和數量進行考核。
(4)提高村衛生室信息化水平。將村衛生室納入基層醫療衛生機構信息化建設和管理範圍，充分利用信息技術加強對其服務行為、藥品設備供應和使用的管理和績效評價，提高鄉村醫生和村衛生室的服務能力和管理水平。根據村衛生室功能定位設計相關軟件，建立統壹規範的居民電子健康檔案，實現鄉鎮衛生院和村衛生室統壹電子票據和處方。