飼料中的有毒有害物質種類繁多，成分復雜，毒性大小不壹，危害程度不等。下面以壹些重要指標為例，說明這些有毒有害物質對動物機體的危害。
鉛、汞和砷、氟、鎘等屬於重金屬。飼料中的鉛進入動物機體後，經血液循環絕大部分蓄積在骨骼，壹部分經肝臟通過膽汁排出體外。鉛中毒後，主要對動物神經系統、造血系統和泌尿系統造成損害。腦血腫、腦血管擴張、神經節變性導致明顯的神經癥狀；幹擾體內卟啉代謝，體內血紅蛋白合成和鐵利用障礙，導致缺鐵性貧血癥狀；腎小球上皮細胞腫脹，近曲小管上皮細胞內出現包涵體，導致糖尿、氨基酸尿。鉛可通過胎盤屏障傳遞給胎兒，對胎兒造成危害。
氟是壹種全身性的組織毒，飼料中氟進入機體後，主要與血中的鈣離子結合，引起機體鈣代謝障礙，往往造成軟骨、脆骨，幼齡動物牙齒、骨骼鈣化不全，形成“氟牙”。
有機氯農藥六六六、滴滴涕，其化學性質穩定，不易分解，殘留期長，通過飼料原料對飼料的汙染最為嚴重。有機氯農藥經飼料進入動物機體後，主要蓄積在脂肪、肝臟、腎臟、腦、血液等組織和器官中。其對機體的毒性主要表現在損害中樞神經和肝臟、腎臟等實質器官；幹擾體內某些酶的活性，改變體內某些生化過程；損害動物的免疫功能；影響動物生殖能力；還有致癌、致畸、致突變作用。
沙門氏菌對人和動物有致病力，如傷寒沙門氏菌、副傷寒沙門氏菌等，通過飼料攝入大量菌體後，細菌在腸道繁殖，並產生內毒素，內毒素對腸道產生刺激作用，引起腸道粘膜腫脹、滲出和壞死脫落，引起嚴重的胃腸炎癥狀。由腸壁吸入到血液後，內毒素作用於體溫調節中樞和運動神經中樞，引起體溫上升和運動神經麻痹。
飼料黴變主要由曲黴屬、青黴屬、交鏈孢黴屬、鐮刀黴屬等引起。黴菌不僅僅會影響飼料質量，影響動物正常生長，最嚴重的是產生毒素，引起動物中毒。黃曲黴毒素B1毒性強，急性中毒常引起動物死亡，更多的是慢性中毒，毒素在動物體內蓄積，致畸、致癌，影響動物產品的質量，危害人體健康。
飼料添加劑包括維生素、微量元素、氨基酸和藥物添加劑等。大多數來自自然產物和人工合成，部分具有毒副作用，在添加量過大時，對動物產生毒害作用。銅中毒時，大量銅在肝臟蓄積，抑制多種酶的活性，引起肝壞死；血液中銅含量大時，能導致紅細胞破裂，出現血紅蛋白尿，血紅蛋白往往阻塞腎小管，使腎小球和腎小管急性壞死，出現少尿、尿閉和尿毒癥。