輻照滅菌的成本主要包括設備、能源、輻照劑量和人工成本。根據輻照設備和使用場景的不同，這些成本所占的比例也會不同。設備成本 輻照設備是輻照滅菌的必要工具，價格較高。壹臺小型輻照設備的成本可達六位數，而大型設備的成本可達七位數或更高，這也是輻照滅菌成本較高的主要原因之壹。
能源成本輻照設備的運行需要消耗大量的電力或輻射源，而電力和輻射源的價格也是決定成本的壹個因素。輻照劑量成本根據不同的輻照要求，需要使用不同的輻照劑量，而不同的輻照劑量會影響輻照滅菌的效果，較高的劑量要求會導致較高的輻照劑量成本。
食品輻照殺菌的種類
1、輻照完全殺菌：將密封包裝的食品以25-50KGy的劑量進行輻照，可使所有破壞食品的病原微生物死亡，從而達到商品殺菌的目的。輻照前可在食品中加入食鹽和三聚磷酸鈉等，既可減少食品的水分損失，又可增強射線對細菌的殺滅能力。經過輻照完全殺菌法處理的牛肉、雞肉、火腿、豬肉、香腸、魚蝦等可在常溫下保存2年以上，能保持色澤和風味。
2、輻照殺菌：4-10KGy的劑量可有效限制有害公共衛生的生物性和腐蝕性微生物的生長，可有效去除高蛋白食品如肉類、奶制品、蛋制品中危害極大的沙門氏菌，用5KGy輻照，可使其減少數億倍，還可深度殺滅冷凍食品中的沙門氏菌。現在世界上已有20多個國家批準應用輻照滅菌技術對人類食用的食品進行滅菌，如雞肉、豬肉、鮮魚、蘑菇、調味品、馬鈴薯、大米、洋蔥、小麥等。