1863年（清同治二年），雷允上在上海開設分店，後稱上海雷允上誦芬堂南店。
1877年（清光緒三年），雷允上在蘇州按前店後院的模式設立加工廠，並逐步擴大規模。
1922年（民國十壹年），雷允上誦芬堂依法獲得 "九芝圖 "商標註冊證書，成為中國最早的註冊商標之壹。
1934年（民國23年），上海雷允上誦芬堂北店開業。
1965年，雷允上九芝土牌六神丸被列為國家保密產品。
1979年，九芝圖牌六神丸榮獲國家質量金獎，1984年、1989年連續兩年榮獲國家質量金獎。
1980年，九芝圖牌榮獲國家馳名商標稱號。
1994年3月，蘇州雷允上制藥廠投資30萬元成立蘇州雷允上營養保健品公司，住所位於河西新區曙光村，註冊資金30萬元。
1995年11月，市醫藥集團有限公司以蘇州雷允上制藥廠、蘇州藥材采購供應站和蘇州雷允上營養保健品公司為核心企業，下設藥材采購供應站百合保健品經營部、王洪書中藥飲片廠、繆太山藥店、雷允上營養保健食品廠、王洪書藥店、王洪書藥店新區片區、雷允上清芬堂（雷允上營養保健食品廠、王紅珠大藥房、王紅珠大藥房新分店、雷允上清芬堂（綜合）大藥房、通寶春大藥房、天益生大藥房、都梁記大藥房、為民大藥房）、寧遠堂大藥房、新豐大藥房、靈芝堂大藥房、同益生大藥房、虎丘大藥房、保康大藥房、潘子義大藥房、發光大藥房、良禮堂大藥房為壹體的緊密型企業，共同組建了雷允上藥業集團（蘇州）。同時，蘇州雷允上制藥廠、蘇州藥材采購供應站合並為蘇州雷允上保健品公司，蘇州雷允上營養保健品公司更名為雷允上藥業集團公司（蘇州），集團公司性質為全民和集體合資企業，註冊資本2168萬元，公司主要辦公地點：蘇州市吳中區吳中路127號。127號，***現有員工1100余人，其中具有各類專業技術職稱的300余人。
1997年3月，經市工商局登記註冊，雷允上藥業集團公司（蘇州）將穆泰山、王紅珠、童寶春等15家藥店合並組建 "蘇州雷允上中藥連鎖店"，屬雷允上藥業集團公司（蘇州）全資子公司，註冊資本226.9萬元，住所：蘇州市吳中區溪中路127號：溪中市127號，***現有員工1100余人，其中具有各類專業技術資格的人員300余人。註冊資金226.9萬元，住所：溪中市127號。
1997年，由中國遠洋集團公司出資6029萬元（占70%），蘇州醫藥集團有限公司以所屬雷允上藥業集團公司（蘇州）和蘇州雷允上醫藥連鎖總公司的凈資產，經評估確定為3690萬元（占30%）出資組建雷允上（蘇州）藥業有限公司。註冊資本：9720萬元，住所註冊資本：9720萬元，住所：蘇州市溪中路127號，員工1068人。
1998年10月，由中國遠大集團公司出資900萬元（占90%），雷允上（蘇州）藥業有限公司出資100萬元（占10%）收購常熟制藥廠，組建常熟雷允上藥業有限公司。
1999年2月，雷允上（蘇州）藥業有限公司股東會通過決議，同意公司出資設立蘇州雷允上國藥連鎖總店有限公司。蘇州雷允上國藥連鎖總店有限公司以原蘇州雷允上國藥連鎖總店凈資產 631 萬元（占 90%），常熟雷允上藥業有限公司以現金 63 萬元（占 10%）。註冊資本694萬元，住所：江蘇省常熟市西中市127號：住所：溪中市127號。
1999年5月，雷允上（蘇州）藥業有限公司從中國遠洋集團公司出資1607萬元，收購常熟雷允上藥業有限公司90%股份中的80%，入股蘇州雷允上國藥連鎖有限公司。(中國遠洋運輸（集團）總公司向常熟雷允上藥業有限公司（1999 年 2 月成立）出資 133 萬元，收購常熟雷允上藥業有限公司 90%股份中的 10%。
1999年3月，中國遠大集團公司出資133萬元，收購常熟雷允上藥業有限公司90%的股份。
2001年3月，雷允上（蘇州）藥業有限公司更名為雷允上藥業股份有限公司。
2001年12月，雷允上藥業股份有限公司投資1億元的國家雙高壹優項目--雷允上新廠區建設正式啟動。
2004年6月，雷允上藥業股份有限公司蘇州雷允上制藥廠通過GMP認證，將雷允上藥業推向了壹個新的歷史裏程碑。
2006年4月18日，蘇州雷允上商業有限公司成立。
2006年5月，六神膠囊上市，國家認定品種六神丸二次開發初見成效，11月底，六神膏上市。
2006年11月，雷允上藥業有限公司通過中藥軟膏劑GMP認證。
2007年1月，六神膏上市。
2008年11月，雷允上國藥連鎖總店有限公司通過江蘇省食品藥品監督管理局 "藥品生產質量管理規範 "認證。